Фамилия Мохорин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность — буквально «чей?» — и чаще всего крепился к основам, оканчивающимся на -а или -я. В случае Мохорина основа — «Мохоря».

Что стоит за этим прозвищем? Скорее всего, корень «мох-». В старых русских говорах «мохорь» или «мохря» — это нечто мохнатое, лохматое, растрёпанное. Так могли называть человека с нечёсаными волосами, косматой бородой или неряшливого, неухоженного на вид. Есть и другая, более бытовая версия: «мохорь» — это кисть, бахрома, обрывок нитки. Прозвище Мохоря мог получить портной или ткач, работавший с тканью, или же человек, чья одежда постоянно была в лохмотьях.

Реже встречается гипотеза, связывающая фамилию с диалектным словом «мохор» — так в некоторых местах называли болото, поросшее мхом. Тогда Мохорин — «живущий у мшистого болота». Но эта версия менее убедительна: прозвища от местности обычно давались по названию села или реки, а не по типу ландшафта.

Фамилия Мохорин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Кировской, Нижегородской, а также в Сибири, куда переселенцы принесли её в XVII–XIX веках. В документах XVII века упоминаются крестьяне Мохорины в Устюжском и Сольвычегодском уездах — это даёт понять, что фамилия возникла в среде черносошных крестьян Русского Севера, то есть лично свободных, а не крепостных земледельцев.

С точки зрения словообразования Мохорин стоит в одном ряду с фамилиями от прозвищ на -ря: Кудря, Грязнуха, Шатун. Суффикс -ин здесь не просто показатель принадлежности, а способ превратить бытовую характеристику человека в наследственное родовое имя.