Фамилия Мокшарев — наглядный пример того, как в русской фамилии может отразиться не только прозвище или профессия, но и целый этнический пласт. Основа здесь — «мокшар», и это прямой отсыл к народу мокша, одному из двух основных этносов мордвы (наряду с эрзей). В древнерусских летописях мокшу нередко называли «мокшанами», а жителя — «мокшарином». Со временем это слово могло стать прозвищем для человека, который либо сам происходил из мокшан, либо жил в местах их расселения, либо внешне или по обычаям напоминал их соседям-славянам.

Суффикс «-ев» указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Мокшарев — это «сын Мокшаря». Исходное личное имя или прозвище Мокшарь в XV–XVII веках было вполне реально: в актах встречаются, например, «Мокшар» как нецерковное имя. Так что фамилия могла образоваться не от этнонима напрямую, а от личного имени Мокшар, которое, в свою очередь, произошло от того же корня. Важно, что это не фамилия служилого татарского или мордовского мурзы — у тех чаще встречались окончания на «-ин» или «-ский». Мокшарев — фамилия крестьянская или посадская, закрепившаяся на территориях, где русские и мордва жили чересполосно.

Географически фамилия тяготеет к историческим землям расселения мокши: это современные Пензенская, Тамбовская, Нижегородская области, Мордовия. В этих краях фамилия встречается до сих пор, но не является массовой. Встречается и вариант Мокшаров — с более частым суффиксом «-ов», но Мокшарев сохранил более архаичную форму, где основа на мягкий согласный (Мокшарь) дала «-ев».

Редкость фамилии объясняется тем, что этнические прозвища редко становились основой для фамилий в центральных русских областях — чаще они возникали на окраинах, где контакт культур был повседневным. Поэтому носитель фамилии Мокшарев с высокой вероятностью имеет предков, живших на стыке русского и мордовского миров, в зоне активного этнического смешения.