Фамилия Мокшаев, скорее всего, восходит к крестильному мужскому имени Мокий, которое в переводе с греческого языка означает «насмешник». Существует также другая, маловероятная гипотеза, что данная фамилия образована от прозвища Мокша. Возможно, что оно ведет свое начало от названия этнической группы мордвы — мокша. В таком случае прозвище Мокша указывало либо на национальную принадлежность человека, либо на его внешнее сходство с представителями этой народности. Кроме того, в индуизме существует понятие moksha, которое переводится с санскрита как «освобождение», «избавление». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мокша, со временем получил фамилию Мокшаев.