Фамилия Мокшанинов — одна из тех, что чётко указывает на географическое происхождение своего первого носителя. Её основа — название народа или реки, а суффикс -инов выдаёт модель образования, типичную для русского Севера и Поволжья.

Корень фамилии — «мокшан». Мокшане (или мокша) — одна из двух крупных этнических групп мордвы, наряду с эрзянами. Они исторически населяют бассейн реки Мокши (правый приток Оки) на территории современных Пензенской, Нижегородской, Рязанской областей и Мордовии. Река Мокша, в свою очередь, дала название и народу, и множеству населённых пунктов. Человек, переселившийся из этих мест в центральную Россию или на север, получал прозвище «Мокшанин» — выходец с Мокши или из земли мокшан. От этого прозвища и пошла фамилия.

Суффикс -инов указывает на принадлежность: «чей?» — мокшанинов, то есть сын или потомок Мокшанина. В русской антропонимии суффикс -инов встречается реже, чем стандартный -ов или -ев, но он органичен для фамилий, образованных от слов на -анин/-янин (ср. Двинянинов, Рязанинов, Пермянинов). Такая словообразовательная модель была особенно распространена в северных и восточных регионах России, куда в XVI–XVII веках активно переселялись крестьяне и служилые люди из Поволжья.

Версия о том, что фамилия могла произойти от личного имени Мокшан (гипотетически — дохристианского имени, данного по этнониму), менее вероятна. В письменных источниках такие имена не зафиксированы, тогда как прозвища по месту выхода — обычное дело для эпохи формирования фамилий в XVII–XVIII веках.

Сословно Мокшаниновы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные и восточные рубежи Московского государства. Фамилия не дворянская, хотя отдельные представители могли попадать в купечество или духовенство. Встречается она преимущественно в Пензенской, Симбирской и Саратовской губерниях — то есть как раз в зоне исторического расселения мокши и в местах, куда они мигрировали.