Фамилия Мокшанинова — женская форма от мужской Мокшанинов. Её основа — топоним или этноним, а не имя, что сразу выделяет этот ряд среди множества «отческих» фамилий на -ов и -ин.

Корень «Мокшан» ведёт к реке Мокше (правый приток Оки) и к народу мокша — одному из двух основных этносов мордвы. В русских документах XVI–XVII веков «мокшанами» называли выходцев с земель по Мокше, из района нынешних Пензенской, Тамбовской, Нижегородской областей. Фамилия Мокшанинов могла закрепиться за переселенцем, который перебрался в другой уезд и получил прозвище по старому месту жительства: «мокшанин» — тот, кто с Мокши или из мокшанской земли.

Суффикс -инов указывает на модель образования, характерную для русских фамилий от прилагательных на -ин: Мокшанин → Мокшанинов. Это не патроним (не «сын Мокшана»), а посессивное притяжательное прилагательное: «чей? — Мокшанинов», то есть «из семьи Мокшанина». Аналогично строились фамилии Болховитинов (от «болховитин» — житель Болхова) или Рязанинов (выходец из Рязани).

Написание с двойным «н» — Мокшанинова — вариант, который встречается в документах наравне с одно«н»-ным. Двойное «н» могло возникнуть под влиянием суффикса -анин, где одна «н» принадлежит основе, другая — суффиксу: мокш-анин → мокшанин → Мокшанинов. Со временем написание стабилизировалось, но в разных ветвях рода могло закрепиться по-разному.

Сословно фамилия не элитарная: её носители — скорее всего, государственные или дворцовые крестьяне, однодворцы, реже — служилые люди по прибору (стрельцы, казаки). В переписях XVIII–XIX веков Мокшаниновы плотно встречаются в Тамбовской и Пензенской губерниях, что совпадает с ареалом расселения мокши и с зоной поздней колонизации Дикого поля. Фамилия почти не вышла за пределы этого региона, поэтому для генеалогического поиска стоит в первую очередь смотреть метрические книги и ревизские сказки Моршанского, Кирсановского, Нижнеломовского уездов.

В отличие от фамилий на -ский (Мокшанский), которые могли даваться дворянам по названию имения, Мокшанинов — «географическая» фамилия простого человека, прозванного по месту выхода. Она не несёт оттенка принадлежности к знати, но зато прямо указывает на этническую и региональную историю семьи.