Фамилия Мокшанихин — редкий пример, где суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. В ней два суффикса: -ан- и -их-. Первый (ан) часто встречается в прозвищах, образованных от этнонимов: «мокша» — одно из двух крупных мордовских племён (мокша и эрзя). Второй суффикс, -их-, — типично севернорусский и западносибирский, характерный для фамилий Архангельской, Вологодской, Вятской губерний. Он отвечает на вопрос «чей?»: Мокшанихин — буквально «сын того, кто из мокшан» или «сын Мокшана».

Основа «Мокшан» — это либо прозвище человека, имевшего черты, которые связывали с мордвой-мокшей (например, тёмные волосы, особый говор, происхождение из мест, где жили мокшане), либо указание на реальную национальность предка. В русских говорах слово «мокша» могло также означать «мокрый, сырой человек», но эта версия слабее: суффикс -ан- в прозвищах от качеств (типа «грязный» → «Грязнуха») даёт обычно другие модели. Куда вероятнее, что перед нами этническое прозвище.

Географически фамилия привязана к северу и северо-востоку Европейской России. В переписях XVII–XVIII веков «Мокшаны» и «Мокшанихины» встречаются в Вятском крае, на Урале и в Сибири — там, куда в XVII веке ссылали или переселяли людей с Поволжья, в том числе из регионов, где мокшане были соседями русских. Фамилия могла возникнуть в среде государственных крестьян или посадских людей, а не дворян: суффикс -ихин почти не встречается в фамилиях высших сословий.

Интересно, что у фамилии есть «двойник» — Мокшанов. Разница в суффиксе: -ов — стандартная общерусская модель, -ихин — локальная, северная. Если Мокшанов мог появиться в любом регионе, то Мокшанихин почти наверняка «родом» с Русского Севера или Вятки. В современных справочниках фамилия нечастотна, что подтверждает её узкорегиональное происхождение.