Фамилия Мокшанихина образована не от имени, а от женского прозвища Мокшаниха, и в этом её главная особенность. Такое именование обычно получала жена человека, которого звали Мокшаня или Мокшанин, и уже от её прозвища пошла фамилия у детей. Словообразовательная цепочка здесь простая: Мокшаня или Мокшанин — Мокшаниха — Мокшанихина, где суффикс -их- указывает на принадлежность женщине, а затем -ин- закрепил эту форму как фамильное имя потомков.

Есть две версии происхождения основы. Первая связывает имя Мокшаня с каноническим именем Мокий, которое в переводе с греческого означает «насмешник». В православных святцах почитается несколько покровителей этого имени: мученик Мокий Чтец (день памяти 11 февраля), священномученик Мокий (24 мая), праведный Мокий (31 декабря), а также мученик Мокий, память которого приходится на 16 июля и 20 августа. Уменьшительная форма Мокшаня звучит необычно, но вполне укладывается в народную традицию переделывать церковные имена на свой лад.

Вторая версия — географическая. Прозвище Мокшанин, от которого могла образоваться Мокшаниха, связано с гидронимом Мокша — рекой, протекающей в Мордовии. Название реки восходит к этнической группе мордвы — мокша. В этом случае прозвище указывало на место рождения или национальность: так могли назвать выходца с берегов Мокши или мордвина по происхождению. Эта версия выглядит даже более правдоподобной, поскольку фамилия с суффиксом -ихин чаще встречается в северорусских и поволжских говорах, где прозвища по местности были распространены.

Прозвище Мокшаниха закрепилось за человеком как основное именование, а со временем легло в основу фамилии. Потомки женщины с таким прозвищем стали писаться Мокшанихиными. Сегодня фамилия встречается редко, что типично для прозвищных фамилий, которые не имели массового распространения и сохранялись в пределах одной семьи или небольшой округи.