Фамилия Мокшанкин образована от прозвища Мокшанка — так обычно называли человека, пришедшего с реки Мокша, протекающей в Мордовии. Прозвище указывало либо на место жительства, либо на национальную принадлежность, либо на внешнее сходство с представителями этого народа. Такие прозвища часто закреплялись за переселенцами: человек переезжал в новую местность, и соседи по одному лишь говору или чертам лица определяли, откуда он родом, и навешивали метку, которая потом становилась семейным именем.

Суффикс -кин в фамилии — типичный для русского Севера и Поволжья. Если на юге и западе чаще использовали -ов и -ев, то в этих краях притяжательная форма от женского прозвища или имени на -а/-ка была обычным делом. Мокшанка — прозвище женского рода, но фамилию оно дало мужчине: так нередко случалось, когда главу семьи называли по матери или по жене, либо когда прозвище само по себе имело уменьшительно-пренебрежительный оттенок и не менялось при переносе на потомков.

Менее вероятно, что фамилия восходит к крестильному мужскому имени Мокий, которое в переводе с греческого означает «насмешник». От Мокия ожидались бы формы Мокиев, Мокин или Мокеев, а Мокшанкин требует промежуточной ступени Мокшанка, которая к греческому имени отношения не имеет. Спорная версия с санскритским понятием moksha («освобождение», «избавление») вообще выглядит натяжкой: индийские термины в русские прозвища XVII–XIX веков не попадали, и связывать фамилию с индуизмом можно разве что в порядке курьёза.

Географически фамилия привязана к бассейну Оки и Средней Волги, где протекает Мокша. Носители Мокшанкиных чаще всего встречаются в Пензенской, Тамбовской и Рязанской областях, а также в Мордовии. В этих местах прозвище могло закрепиться и за русским, и за мордвином, принявшим православие: этническая граница здесь всегда была размытой, а фамилии нередко выдавали лишь регион, а не кровь.

От того же корня пошли Мокшин, Мокшанцев, Мокшанов. Все они — сёстры по происхождению, но Мокшанкин сохранил самую разговорную, деревенскую форму, которая звучит не как официальное обозначение, а как то, что сказали бы в живой речи: «чей? — Мокшанкин».