Фамилия Мокшаев почти наверняка произошла от крестильного имени Мокий. В переводе с греческого оно означает «насмешник». Имя это в старину было распространено среди духовенства и простых людей, а от его обиходных форм — Мокша, Мокей, Мокеев — и образовалась целая россыпь фамилий. Мокшаев здесь стоит в одном ряду с более частыми Мокеевыми и Мокиными.

Существует и другая версия, но она заметно слабее. Согласно ей, в основе лежит прозвище Мокша, которое могло указывать на принадлежность к мордовскому этносу — народу мокша. Такое прозвище дали бы либо человеку нерусского происхождения, либо тому, кто внешне или по поведению напоминал соседей-мордвинов. Впрочем, для центральных русских губерний, где фамилия встречается чаще всего, эта гипотеза выглядит натянутой: крестильное имя давало более естественное и массовое объяснение.

Отдельно стоит упомянуть индуистское понятие «мокша» — освобождение от круга перерождений. Соблазнительно связать его с фамилией, но это чистое совпадение: русская ономастика не заимствовала санскритских терминов, а носители фамилии к индийской философии отношения не имели.

Суффикс -ев в фамилии указывает на притяжательную форму: Мокшаев буквально означает «сын Мокши», то есть сын человека, которого в обиходе звали сокращённо от Мокия. Такая модель — уменьшительное имя плюс типовой суффикс — одна из самых продуктивных в русских фамилиях, поэтому Мокшаевы могли появиться независимо в разных регионах.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс закрепления фамилий у крестьянства растянулся на несколько столетий и завершился лишь к XIX веку. Можно лишь сказать, что перед нами типичный памятник русской антропонимии, где церковное имя, пройдя через народную обработку, превратилось в устойчивый родовой знак.