Фамилия Молчалин — один из тех случаев, когда прозвище предка перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную образность. В основе лежит глагол «молчать» или прилагательное «молчаливый». Прозвище Молчалин, скорее всего, давали человеку неразговорчивому, скрытному или тому, кто умел хранить тайны. В крестьянской среде, где ценилась общительность, такая черта сразу бросалась в глаза и легко становилась устойчивым именованием.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Фамилия Молчалин буквально означает «сын Молчалы» или «из рода Молчалы». Суффикс -ин — один из древнейших в русской антропонимии, он характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. В этом смысле Молчалин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Пушкин, Репин или Кузьмин, хотя по звучанию и смыслу резко от них отличается.

Интересно, что фамилия Молчалин не имеет отношения к знаменитому литературному персонажу из «Горя от ума» Грибоедова, хотя это распространенное заблуждение. Грибоедов взял уже готовую, бытовавшую в русском языке фамилию для своего героя, сделав её нарицательной для угодливого карьериста. Однако в реальной истории фамилия Молчалин встречается задолго до появления комедии — в переписных книгах XVII века, в среде посадских людей и крестьян северных и центральных губерний России.

Географически фамилия Молчалин наиболее частотна в Вологодской, Архангельской, Костромской и Кировской областях. Это объясняется тем, что в северных говорах слово «молчальник» (человек, давший обет молчания) было более употребительно, а сама традиция прозвищ по чертам характера на Русском Севере сохранялась дольше, чем в центральных регионах. Таким образом, предки современных Молчалиных с большой вероятностью были не столичными чиновниками, а вольными крестьянами-северянами, получившими свое прозвище за немногословный нрав.

Встречаются и редкие варианты написания — Молчалинъ (с твердым знаком в дореволюционных документах) или Молчелин, но последнее, скорее всего, результат диалектного произношения или ошибки писаря. Основная форма фамилии устойчива и не имеет спорных этимологических версий, что делает её одной из самых прозрачных для анализа.