Фамилия Молчан напрямую связана с прозвищем, которое давали человеку неразговорчивому, спокойному или угрюмому. В древнерусском языке слово «молчан» означало «молчальник», то есть тот, кто не любит пустых разговоров. Так могли назвать и ребенка, который рос тихим и не крикливым, и взрослого, который не встревал в перепалки, держал язык за зубами и вообще был не склонен к многословию. Смысл прозвища прост и прозрачен: его давали по характеру, и оно закреплялось за человеком как его вторая, бытовая, нецерковная идентичность.

Сам по себе корень «молч-» очень древний, и прозвищные имена от него встречаются в русской истории с XVI века. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются сразу несколько таких носителей: Иван Дмитриевич Молчан Чеглоков (первая половина XVI века), Андрей Борисович Молчан (1535 год, Вологда), Иван Федорович Молчан Ошанин (1570 год). От последнего, по данным исследователя, пошли и Молчановы. То есть перед нами не единичное прозвище, а целый пласт родственных именований, которые бытовали в разных слоях общества — от служилых людей до жителей северных городов.

Фамилия Молчан, в отличие от более распространенной Молчанов, сохранила исходную форму прозвища без прибавления суффикса -ов/-ев. Это характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии часто застывали в виде чистого прозвища. Поэтому можно предположить, что предки носителей фамилии Молчан происходят из этих регионов, хотя сама основа, как видно из летописей, была общерусской. В северных землях, например в Вологде, такое прозвище тоже бытовало, так что однозначно привязать фамилию к одной местности сложно.

Интересно, что имя Молчан не было редким: оно встречается и в документах, и в родословных росписях. Оно не несло негативного оттенка — молчаливость на Руси часто ценилась, считалась признаком мудрости и сдержанности. Так что предок-Молчан, скорее всего, был человеком себе на уме, рассудительным и не тратившим слов впустую. Со временем прозвище перешло в фамилию и закрепилось за потомками, которые уже не имели отношения к характеру первого носителя, но сохранили память о его особенности в своем родовом имени.