По одной из версий, фамилия Молчаненко восходит к древнерусскому нецерковному имени Молчан. Так могли называть спокойного, не крикливого ребенка. Следовательно, фамилия Молчаненко могла быть образована от прозвища Молчан, которое мог получить молчаливый, угрюмый человек. Веселовского упоминаются родственные прозвища и фамилии: Иван Дмитриевич Молчан Чеглоков, первая половина XVI в.; Андрей Борисович Молчан, 1535 г., Вологда; Иван Федорович Молчан Ошанин, 1570 г.; от него пошли Молчановы. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Молчан, со временем получил фамилию Молчаненко.