Фамилия Молчанинов — типичный пример русского отчества, образованного по модели «-ин» от прозвища или нецерковного имени Молчан. В древнерусской антропонимии имя Молчан было хорошо известно: его давали ребёнку, родившемуся тихим, не плачущим, либо человеку с молчаливым, неразговорчивым нравом. Имя встречается в документах XVI–XVII веков, например, в актах Новгорода и северных земель. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Молчанов сын, то есть потомок Молчана.

Однако Молчанинов — не единственная фамилия от этого корня. Рядом стоят более распространённые Молчанов и Молчановский. Разница в суффиксе «-инов» вместо простого «-ов» здесь не случайна. В русской ономастике формы на «-инов» встречаются реже, и чаще всего они образованы от имён, оканчивающихся на согласный, с последующим наращением «-ин» и «-ов». Но в случае с Молчаниновым основа «Молчан» дала бы ожидаемое «Молчанов» (как и случилось в большинстве случаев). Появление «-инов» может говорить о более поздней фиксации фамилии в документах, когда писарь переосмыслил форму, добавив лишний суффикс, либо о влиянии местного говора. В северных и сибирских переписях XVIII века встречаются варианты Молчаниновых, что указывает на возможную региональную привязку к Вологодчине, Архангельской губернии или Уралу.

Социальный состав носителей фамилии был неоднороден. В XVII веке Молчаниновы упоминаются среди посадских людей и крестьян, но встречаются и в среде служилых — стрельцов, казаков. Например, в переписной книге Тобольского уезда 1620-х годов записан «Молчанинов сын боярский», что говорит о принадлежности к мелкопоместному дворянству. Позже, в XIX веке, фамилия закрепилась у купцов и мещан, особенно в Пермской и Вятской губерниях.

Интересная деталь: в отличие от фамилии Молчанов, которая стала «общерусской» и встречается повсеместно, Молчанинов сохранил более узкий ареал. По данным современных исследований, частота фамилии заметно выше в Кировской области и Пермском крае, что подтверждает её северно-русское происхождение. Таким образом, предки современных Молчаниновых — скорее всего, жители русского Севера или Приуралья, получившие фамилию по прозвищу молчаливого родоначальника.