Фамилия Молчанко — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках стала одной из самых продуктивных на Левобережной и Правобережной Украине. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу (Иван — Иванов), суффикс -ко в украинской традиции мог выполнять несколько ролей: уменьшительно-ласкательную, патронимическую (сын Молчана) или прозвищную. В данном случае основа «молчан» — это прозвище, которое давали человеку молчаливому, неразговорчивому, скрытному. В народной среде молчунов уважали за сдержанность, но могли и подшучивать, закрепляя такую характеристику в качестве родового имени.

Интересно, что в русской ономастике фамилия Молчанко встречается реже, чем её аналоги на -ов (Молчанов) или -ин (Молчанин). Это связано с тем, что украинская форма долгое время оставалась локальной, особенно распространённой в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях. В переписных книгах XVII века фигурируют казаки и мещане с прозвищем Молчан, и именно от них пошла фамилия. В некоторых говорах «молчан» означало также «тихоня» или «скрытный человек», что усиливало прозвищный оттенок.

Есть и вторая, менее очевидная версия: фамилия могла произойти от дохристианского имени Молчан, которое давали ребёнку с пожеланием спокойного, нешумного нрава. Такие имена-обереги (Несмеян, Молчан, Некрас) были распространены у славян, чтобы отвести от младенца злых духов или сглаз. В этом случае Молчанко — это не прозвище взрослого, а наследное имя по отцу: сын Молчана.

По сословной принадлежности носители фамилии чаще всего были казаками или крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов Молчанко практически нет — это фамилия народная, без гербов и титулов. В XX веке, в ходе массовых миграций и русификации фамилий, часть Молчанко сменили окончание на -ов или -ев, но многие сохранили оригинальное звучание, особенно на юге России и в Украине.