Фамилия Молдабаева — женская форма фамилии Молдабаев, распространённой среди казахов и других тюркских народов Центральной Азии. В основе лежит мужское личное имя Молдабай, которое образовано слиянием двух компонентов: «молда» (от арабского «мулла» — грамотный, учёный, религиозный наставник) и «бай» (тюркское — хозяин, богатый, уважаемый человек). Таким образом, имя Молдабай буквально означает «богатый учёный» или «господин-мулла», а сама фамилия — «потомок Молдабая».

Фамилия построена по русской модели с суффиксом -ев, который в тюркских фамилиях прибавляется к основам, оканчивающимся на согласный. В казахской среде фамилии в такой форме закрепились в советский период, когда проводилась массовая паспортизация населения. До этого у казахов не было фамилий в привычном понимании: человека называли по имени отца (например, Молдабайулы — сын Молдабая). Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду по женской линии (чьей? — Молдабаева).

Географически фамилия Молдабаева чаще всего встречается в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахской диаспоры в Узбекистане и Кыргызстане. Носители этой фамилии, как правило, потомки людей, чьи предки имели отношение к исламскому образованию: муллы, учителя при мечетях, переписчики книг. Однако со временем фамилия утратила прямую профессиональную привязку и стала просто родовым именем.

В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ев чаще всего присоединяется к прозвищам или названиям профессий, здесь мы видим случай, когда в основу легло полноценное антропонимическое имя, что типично для тюркской ономастики. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Молдабаев отличается от варианта Молдашев (где основа — «Молдаш», уменьшительная форма) или Молдагулов (с компонентом «кул» — раб божий, слуга). Фамилия Молдабаева — одна из тех, что прямо указывает на социальный статус предка, а не на его ремесло или внешность.