Фамилия Молдобаев — яркий пример того, как русская словообразовательная модель наложилась на тюркскую основу. Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?») и типичен для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный. В данном случае основа — Молдобай. Это сложное имя или прозвище, распространённое у киргизов, казахов и других тюркских народов.

Разбираем основу по частям. Первая часть — «молдо» (варианты: молда, мулла). В тюркской среде это слово означает грамотного человека, знатока ислама, часто — учителя или священнослужителя. В Киргизии и Казахстане «молдой» называли не только муллу, но и любого, кто умел читать и писать по-арабски, то есть человека учёного. Вторая часть — «бай». Этот компонент входит в сотни тюркских имён и означает «господин», «богач», «хозяин». В древности так называли состоятельного и уважаемого человека, главу рода. Соответственно, Молдобай — это «учёный бай» или «господин-грамотей». Имя давали либо в честь реального предка, обладавшего знаниями и положением, либо как пожелание сыну вырасти богатым и образованным.

Фамилия Молдобаев — это «сын Молдобая» или «из рода Молдобая». Она практически однозначно указывает на киргизские или казахские корни, хотя встречается и у других народов Центральной Азии. Важно, что фамилия не дворянская и не крестьянская в привычном русском смысле: она появилась у народов, которые массово получали русские фамилии в XIX–XX веках, в период вхождения в состав Российской империи. Тогда имена отцов (Молдобай) официально закреплялись в документах с русским окончанием.

Встречаются однокоренные варианты: Молдабаев (с «а» вместо «о» — результат разного произношения в диалектах), Молдобаев, а также Молдабеков, где вторая часть — «бек» (князь). Все они — звенья одной цепи: указывают на человека, чей предок совмещал религиозную учёность и социальный вес. Географически фамилия чаще всего встречается в Киргизии, особенно в Нарынской и Иссык-Кульской областях, реже — в южных районах Казахстана.

Споров вокруг этимологии почти нет: значение прозрачно, а корни не уходят в глубокую древность. Единственное, что может сбить с толку, — это написание через «о» (Молдобаев) вместо более ожидаемого «Молдабаев». В русской записи тюркских имён гласные часто «плавали», и «о» могло появиться из-за особенностей произношения в конкретном роду или при ошибке писаря. Оба варианта — равноправные фамилии, а не искажение.