Фамилия Молдубаева — тюркская по происхождению, и её разбор лучше начать не с корня, а с модели образования. Фамилия явно женская по форме (окончание -а указывает на принадлежность женщине), но её основа — мужская фамилия Молдубаев, которая, в свою очередь, образована от личного имени Молдубай. Такая схема типична для многих народов Средней Азии и Казахстана: к имени отца или предка добавляли аффикс принадлежности -бай, а затем русский суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих), который в XIX–XX веках использовался для русификации фамилий в ходе переписей и паспортизации.

Корень «молду» восходит к тюркскому слову «молда» или «молдо» — так называли грамотного человека, знатока ислама, муллу. В казахском, киргизском и других языках «молда» — это не просто священнослужитель, а часто учитель, писарь, человек, умеющий читать и писать по-арабски. Вторая часть — «бай» — означает «богач», «господин», «хозяин». Таким образом, имя Молдубай дословно переводится как «богатый, как мулла» или «господин-мулла». Имя давали в надежде, что мальчик вырастет учёным и уважаемым человеком, либо в честь деда или соседа, носившего такое прозвище.

География фамилии Молдубаева сосредоточена в Казахстане, Киргизии и среди тюркоязычных народов России — в Оренбургской, Астраханской областях, а также в Башкортостане. Встречается и вариант Молдабаева, который фонетически ближе к исходному «молда». Разница в написании — «о» вместо «а» — может быть следствием диалектного произношения или ошибки при записи в советских паспортах, когда чиновники на слух фиксировали фамилию.

С точки зрения социального контекста, предки носителей фамилии Молдубаев скорее всего не были кочевыми скотоводами в чистом виде, а принадлежали к оседлому или полуоседлому населению — аульной знати, служителям мечети, учителям при медресе. Фамилия недворянская, но указывает на определённый статус: «бай» в имени — маркер достатка, а «молда» — грамотности. В советское время такие фамилии часто меняли или русифицировали, но Молдубаева сохранилась в исходном виде, что говорит о сильной родовой памяти.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Молдашев, Молдагалиев, Молдакулов — то Молдубаева выделяется именно сочетанием «бай» и «молда». Это не просто указание на профессию предка, а полноценное имя-пожелание, которое давали ребёнку, чтобы он сочетал в себе духовный авторитет и материальное благополучие.