Фамилия Молдошаев — яркий пример того, как географическое положение и социальный строй Средней Азии оставили след в русской фамильной системе. В основе лежит слово «молдо» — так в тюркских языках (особенно в киргизском и казахском) называли грамотного человека, муллу или учителя. Это не столько религиозный сан, сколько уважительное обозначение человека, владеющего письмом и знанием, часто — сельского интеллигента.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный. Формант указывает на принадлежность: «Молдошаев» буквально означает «сын Молдошая». Вторая часть — «шай» — это компонент, характерный для тюркских личных имен (ср. Бектай, Кудайберген). Он может восходить к слову с уважительным оттенком или быть частью сложносоставного имени, где «Молдоша» — это уменьшительно-ласкательная или просторечная форма от «Молдо».

Носители фамилии сосредоточены в регионах с сильным киргизским и казахским влиянием: в Кыргызстане, на юге Казахстана, а также среди диаспор в России (Оренбургская, Астраханская области). В XIX — начале XX века, когда фамилии массово закреплялись за кочевым и полукочевым населением, «Молдошаев» мог получить сын местного муллы или учителя при мечети. Интересно, что в отличие от русских фамилий, образованных от названий профессий (например, Кузнецов), здесь зафиксирован не род занятий, а социальный статус и уровень образования предка.

Встречаются варианты написания: Молдошаев, реже Молдошайев, а также однокоренные Молдобаев, Молдояров. Все они восходят к одному тюркскому корню «молдо», но с разными аффиксами. Версия о связи с молдавским или румынским языком (от «молдован») маловероятна — фонетика и ареал распространения указывают на тюркское происхождение.