Фамилия Молдошев происходит из тюркоязычной среды, скорее всего киргизской или казахской. Её основа — слово «молдо», которое в этих языках означает «грамотный человек» или «священнослужитель». В исламской культуре Центральной Азии молдой называли муллу — учёного, знатока Корана, учителя в медресе. При этом слово не было сугубо религиозным: в быту молдой могли назвать любого грамотного писаря или человека, умеющего читать и писать по-арабски.

Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилий, которая закрепилась у многих народов Средней Азии в XIX–XX веках, когда территории вошли в состав Российской империи. В исконной тюркской системе фамилий не было, а отчество или прозвище передавалось по-другому: например, «Молдо уулу» (сын молды). При русификации окончание -ев (как и -ов) просто прибавили к основе, сделав фамилию по образцу русских патронимических фамилий. Таким образом, Молдошев буквально означает «потомок молды» или «принадлежащий к роду молды».

Встречается фамилия и в варианте Молдошов — это вопрос диалектного произношения и записи в паспортах разных лет. В Кыргызстане Молдошевы — одна из распространённых фамилий, особенно в южных регионах, где традиционно было сильно влияние исламского образования. В Казахстане она реже, но тоже фиксируется, в основном среди старшего поколения.

Социальный статус предков-носителей фамилии был выше среднего: в кочевом обществе грамотность ценилась, и молды часто выполняли роль судей, переписчиков, хранителей знаний. При советской власти многие Молдошевы получили светское образование и ушли из религиозной сферы, но фамилия сохранила память об интеллектуальных корнях рода.