Фамилия Молдашев происходит от личного имени или прозвища Молдаш. Основа здесь — тюркское слово «молда», которое в казахском, киргизском, башкирском и татарском языках означает «мулла», то есть мусульманский священнослужитель, грамотей, знаток Корана. Уменьшительно-ласкательный суффикс -аш (или -ш) превращает «молда» в Молдаш — «маленький мулла», «сын муллы» или просто ласковое прозвище грамотного и уважаемого человека. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий: Молдашев буквально значит «сын Молдаша».

Фамилия типична для тюркоязычных народов, в разное время вошедших в состав Российской империи. Основной ареал распространения — Казахстан, Башкортостан, Татарстан, а также Оренбургская, Челябинская и Астраханская области России. Встречается она и у ногайцев, и у каракалпаков. География подсказывает, что предки носителя фамилии были, скорее всего, из среды оседлого или полукочевого мусульманского населения, где уважали духовное образование.

Словообразовательная модель Молдашев (основа на мягкий согласный + -ев) — стандартный способ русификации тюркских фамилий в XIX–XX веках. Интересно, что в казахской среде фамилия могла писаться и как Молдашев, и как Молдашов, и даже Мулдашев — разница в огласовке первого слога (молда/мулла) отражает диалектные особенности произношения. Самая редкая и, возможно, исходная форма — Молдаш, без русского суффикса, но в документах её почти не закрепили.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Молдабаев, Молдагалиев, Молдахметов — показывает, что Молдаш было именно прозвищем, а не именем, образованным от двух корней (как Молдабай — «мулла-богач»). Это делает фамилию более «простой» по происхождению, но не менее древней. Версия, что корень восходит к какому-то иному тюркскому слову, не связанному с муллой, маловероятна: в тюркских языках «молда» в значении «священнослужитель» — общеупотребительное заимствование из арабского (мауля), и именно оно дало основную массу фамилий этого гнезда.