Фамилия Молебный — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя, не ремесло и не географическое название, а церковное действо. Она образована от слова «молебен» — краткого богослужения с прошением или благодарением. Суффикс -н- и окончание -ый указывают на типичную для русских фамилий модель прилагательного: Молебный буквально значит «относящийся к молебну», «связанный с молебном». Такие формы характерны для фамилий, которые закреплялись за духовенством или за людьми, чья жизнь была тесно связана с церковной службой.

Вероятнее всего, фамилию получил человек, так или иначе причастный к проведению молебнов. Это мог быть либо сам священник, который часто служил молебны, либо причетник — псаломщик или дьячок, помогавший при богослужении. В среде духовенства фамилии нередко давались по названию храма, иконы или обряда, и Молебный — один из таких «обрядовых» вариантов. Менее вероятно, но возможно, что прозвище Молебный дали мирянину, который был известен своей набожностью и любовью заказывать молебны.

Фамилия Молебный почти не встречается за пределами восточнославянских земель. По данным современных справочников, она сосредоточена в основном в Центральной России и Поволжье, но везде крайне редка. Это нетипичная фамилия: она не входит в число массовых, её носителей можно пересчитать по сотням, а не по тысячам. Редкость объясняется тем, что в основе лежит не бытовое, а сугубо церковное понятие, которое редко становилось прозвищем в крестьянской среде.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Молебнов (с суффиксом -ов) встречается чаще — она образована по более продуктивной модели отчества. Форма Молебный архаичнее и ближе к прозвищу, которое не успело пройти стандартную «паспортизацию» в XIX веке. В некоторых говорах слово «молебный» могло означать не только «относящийся к молебну», но и «набожный», «богомольный» — это ещё один возможный источник прозвища, хотя он менее надёжен.

Таким образом, предки носителей фамилии Молебный с большой вероятностью принадлежали к церковному сословию — священникам или церковнослужителям. Фамилия закрепилась за ними не по месту службы, а по роду занятий, что делает её своеобразным профессиональным прозвищем в ряду духовных фамилий.