Основой фамилии Молоченко послужило мирское имя Молоко. Мирское имя Молоко восходит к аналогичному нарицательному. К подобным именам может относиться и имя Молоко. Возможно и то, что Молоком назвали ребёнка, которого долго вскармливали материнским молоком. Однако в основе фамилии Молоченко может лежать не только мирское имя, но и прозвище Молоко. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Молоко, со временем получил фамилию Молоченко.