Фамилия Молофеев — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает неожиданный поворот. На первый взгляд кажется, что корень «молот» или «молоть»: предок мог быть мельником или кузнецом. Но это ложный след.

На самом деле Молофеев — это фонетическая и диалектная версия фамилии Малафеев. Уберите первую букву, и всё встанет на место: основа — редкое каноническое имя Малафей, народная форма крестильного имени Малахия (в переводе с древнееврейского «посланник Божий»). В русских говорах, особенно в северных и центральных губерниях, «а» после «м» часто переходило в «о» под ударением или в безударной позиции — так Малафей превращался в Молофея, а фамилия сына или внука становилась Молофеевым.

Суффикс -ев указывает на типичную патронимическую модель: «чей?» — Молофеев, то есть потомок Молофея. Такая фамилия не связана с профессией или социальным статусом, а прямо отсылает к имени предка. На письме встречаются колебания: Молофеев и Малафеев — это варианты одной фамилии, разошедшиеся из-за местного произношения и записи в метрических книгах.

В ономастических словарях, в том числе у Б. Унбегауна, фамилия рассматривается именно как производная от Малафея. Споров тут немного: версия о «молоте» или «молотьбе» — народная этимология, которую не подтверждает ни историческая география фамилии, ни типичные модели образования русских фамилий.

Географически Молофеевы встречаются в основном в старообрядческих и крестьянских семьях Тверской, Ярославской и Вологодской губерний — как раз там, где диалектный переход «а» в «о» был особенно силён. В дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована, что тоже говорит о её простонародном происхождении.