Фамилия Мома — редкий случай в русской ономастике, когда за основу фамилии взято не отцовское прозвище, а материнское. Традиционно фамилию образовывали от имени или прозвища родоначальника-мужчины, главы семьи, поэтому фамилии, восходящие к женским прозвищам, немногочисленны. Здесь же мы видим исключение: прозвище Мома, скорее всего, получила женщина.

Наиболее правдоподобная версия связывает прозвище с диалектным словом «мома», которое в рязанских говорах употреблялось в значении «мама». Так могли называть женщину, которая одна воспитывала детей, — вдову или солдатку. Прозвище закреплялось за ней как за главой семьи, и уже от него пошла фамилия у детей. Это объясняет и саму форму: фамилия осталась без типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин), что тоже необычно и говорит о позднем оформлении или о заимствованной основе.

Есть и другая гипотеза, более экзотическая. Прозвище Мома могло вести начало от названия реки Мома в Якутии, правого притока Индигирки. Сам гидроним, возможно, происходит от эвенкийского слова «мома», то есть «лесистый». В таком случае родоначальник фамилии был выходцем из тех мест, а прозвище указывало на его географическое происхождение. Эта версия правдоподобна для сибирских регионов, где русские фамилии нередко образовывались от местных гидронимов и топонимов, но для центральной России менее характерна.

Разница в происхождении заметна и по написанию. Если фамилия русская по происхождению, она должна была бы звучать как Момина или Момов — с суффиксом притяжательности. Форма «Мома» без изменений скорее указывает на позднюю фиксацию или на то, что фамилию принесли из другой языковой среды. В любом случае, обе версии сходятся в одном: фамилия редкая, и её носители, вероятно, происходят из семей с необычной историей — либо с материнской линией во главе рода, либо из далёких северных земель.