Фамилия Момоткова — женская форма фамилии Момотков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Момоток. Основа здесь — диалектное слово «момот» или «момоток». В русских говорах, особенно южных и западных, «момотом» называли человека медлительного, нерасторопного, а иногда — того, кто говорит невнятно, мямлит. Слово звукоподражательное: «мо-мо» — нечленораздельное бормотание. Встречается и другое значение: в некоторых областях «момот» — это заяц, то есть прозвище могло быть дано за трусость или пугливость.

Модель образования простая: к основе на твёрдый согласный (-от) добавляется типичный русский суффикс принадлежности -ов, указывающий на «сына Момотка» или «человека из рода Момотка». Это одна из самых распространённых моделей в русских фамилиях, характерная для крестьянской и мещанской среды XVI–XVII веков. Окончание -а у Момотковой — стандартный грамматический показатель женского рода.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям: встречается в документах Воронежской, Курской, Тамбовской губерний, а также в украинском пограничье. В XIX веке Момотковы фиксируются среди однодворцев — особого сословия, которое занимало промежуточное положение между крестьянами и мелкими помещиками.

Интересная деталь: в написании фамилии иногда путают с Момотовой или Момотковой. Вариант с -к- в корне (Момотков) — более древний и точный, так как суффикс -ок в прозвище указывал на уменьшительно-ласкательную форму. То есть предок был не просто Момот, а Момоток — возможно, младший или невысокий человек с соответствующей характеристикой.