Фамилия Мордеева — женская форма фамилии Мордеев, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа фамилии — «Мордей» или «Мордей». Словообразовательная модель простая: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Мордеев — сын или потомок человека по имени или прозвищу Мордей.

Самое вероятное объяснение корня лежит в диалектной лексике. В северных и сибирских говорах «морда» — это не только часть лица, но и мешок или корзина для корма, а также плетёная ловушка для рыбы. Прозвище Мордей могли дать рыбаку, корзинщику или человеку с крупным, грубоватым лицом. В ономастике известна фамилия Мордкин, образованная от того же корня с другим суффиксом. Есть и тюркская версия: в татарском языке «морда» означает «сильный», «крепкий», и прозвище могло прийти оттуда, особенно если предки жили в Поволжье или на Урале. Эта версия менее распространена, но географически возможна, так как фамилия Мордеева встречается в Башкортостане и Челябинской области.

Суффикс -ев, а не -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на мягкий согласный или й. В данном случае — на «й» (Мордей). Это типично для прозвищ, которые превратились в фамилии без дополнительных изменений. Социального контекста, как у дворянских или купеческих родов, у Мордеевых, скорее всего, нет: фамилия крестьянская, образовалась в XV–XVII веках, когда прозвища массово закреплялись за семьями. Географически фамилия редкая, не входит в сотни самых частых, что подтверждает её локальное происхождение. Если искать однокоренные, то Мордовин, Мордкин, Мордасов — все они от разных форм одного корня, но Мордеев выделяется именно мягким окончанием основы.