Фамилия Мордюшенко — яркий пример украинской модели образования фамилий. Суффикс -енко (в безударной позиции часто переходящий в -єнко, но в русской передаче закрепившийся как -енко) — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он означает «сын» или «потомок», то есть Мордюшенко буквально — «сын Мордюши» или «потомок Мордюка».

Основа фамилии — Мордюш или Мордюк. Это прозвище, корень которого очевиден: морда. В русских и украинских говорах слово «морда» имело два основных значения: первое — лицо (часто с оттенком грубости, некрасивости или выразительности), второе — рыло животного. Прозвище Мордюк (или Мордюш) могли дать человеку с крупными, грубыми чертами лица, с большим ртом или просто тому, кто имел привычку «морщиться» или «кривить морду». Также не исключено, что прозвище носило ироничный или охранительный характер — в народной среде иногда «некрасивыми» именами нарочно обзывали детей, чтобы отвести от них сглаз.

Словообразовательная цепочка выглядит так: морда → Мордюк (или Мордюш) → Мордюшенко (с добавлением суффикса -енко и возможным переходом к/ш по аналогии с другими фамилиями). Вариант с «ш» (Мордюшенко, а не Мордюченко) встречается реже, что указывает на конкретную диалектную или семейную традицию произношения. В украинском языке чередование к/ч/ц более типично, а к/ш — скорее исключение, что делает эту фамилию немного особенной среди однокоренных.

Географически фамилия Мордюшенко тяготеет к восточным и центральным областям Украины (Сумская, Полтавская, Харьковская), откуда в XIX–XX веках носители переселялись на Кубань и в южные регионы России. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от прозвища одного конкретного человека в небольшом селе.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Мордюк (без суффикса -енко, более прямая форма), Мордюков (русифицированный вариант с -ов), Мордюченко (с типичным украинским чередованием к/ч). Мордюшенко стоит в этом ряду особняком — с редким чередованием к/ш, что может указывать на влияние белорусской или польской фонетики (где «ш» вместо «ч» в суффиксах встречается чаще), либо на искажение при записи фамилии писарями.

Социально фамилия почти наверняка крестьянская. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это прозвище простого человека, которое закрепилось за его потомками.