Фамилия Мордюженко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XIX веках закрепилась в восточнославянском ономастиконе. Суффикс -енко традиционно означает «маленький», «сын» или «потомок»: Мордюженко — это буквально «сын Мордюги» или «потомок Мордюги». Такие фамилии были особенно распространены в Левобережной Украине, на Слобожанщине и в южных регионах России, куда их принесли переселенцы.

Основа фамилии — прозвище Мордюга. Его корень — «морда» — в древнерусском языке имел два основных значения: «лицо» (часто с оттенком грубости) и «рыло животного». Прозвище Мордюга могли дать человеку с крупными, выразительными чертами лица, либо тому, кто был резок в общении или обладал зычным голосом. В украинских говорах слово «мордюга» иногда употреблялось как ироничное обращение к упрямому или неуступчивому человеку.

В отличие от более распространённых фамилий на -енко (Шевченко, Коваленко), Мордюженко встречается редко. Это не фамилия от имени или профессии, а именно от прозвища, что делает её более индивидуальной. По происхождению носители фамилии — скорее всего, потомки казаков или крестьян, так как суффикс -енко в этой среде был основным способом образования фамилий.

Любопытная деталь: в русских говорах есть слово «мордюк» — так называли человека с большой головой или лицом. Возможно, Мордюга — это вариант того же корня с другим суффиксом. Фамилия Мордюженко не имеет отношения к фамилии Мордюкова (от имени Мордва), хотя внешне они похожи. Единственное, что объединяет носителей этой фамилии сегодня, — это узнаваемость благодаря актрисе Нонне Мордюковой, но её фамилия — женская форма от Мордюков, что совсем другая история.