Фамилия Моргонюк — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание суффиксом. Он указывает на западное, скорее всего украинское или белорусское, происхождение. Суффикс -юк типичен для фамилий, образованных в западноукраинских землях (Волынь, Подолье, Галичина) и в юго-западной части Беларуси. По модели образования это типичная «патронимическая» фамилия: она отвечала на вопрос «чей?» и означала «сын Моргоня» или «потомок Моргоня».

Основа фамилии — прозвище или личное имя Моргонь. Здесь возможны две версии, и обе имеют право на жизнь. Первая: Моргонь — это производное от глагола «моргать» или «моргнуть». В таком случае прозвище могли дать человеку с быстрым, бегающим взглядом, тому, кто часто и нервно моргал. В говорах слово «моргон» могло означать и «миг», «мгновение», откуда прозвище для торопливого или нетерпеливого человека.

Вторая версия связывает фамилию с диалектным словом «морг» — участок земли, мера площади (примерно полдесятины). В польском и западнорусском языке «morg» означал надел. Тогда Моргонь — это человек, имевший отношение к такому наделу: либо владелец небольшого участка, либо крестьянин, обрабатывавший чужую землю мерой в один морг. Эта версия кажется чуть более правдоподобной для крестьянской среды, где земельные прозвища были распространены.

Интересно, что фамилия Моргонюк почти не встречается в центральной России и на севере. Её география — преимущественно Тернопольская, Хмельницкая, Ровенская области Украины, а также Брестская область Беларуси. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были оседлыми земледельцами, а не, скажем, казаками или горожанами. Сословно — скорее всего, крестьяне или мелкие шляхтичи, которые в XVII–XVIII веках получили фамилию по отцу или по прозвищу.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Моргонюк стоит в одном ряду с Моргун, Моргунов, Моргай. Но суффикс -юк делает её более узкой и региональной. Встречаются также варианты написания: Моргонюк, реже Моргонюк (с ударением на последний слог). В русском языке ударение чаще ставят на последний слог, хотя в украинском оригинале оно может падать на второй. Споров о корне фамилии в научной литературе нет: лингвисты сходятся на связи либо с «моргать», либо с «морг» (земельная мера), отдавая предпочтение второму варианту из-за аграрного контекста региона.