Фамилия Мородина — отчество от прозвища или нецерковного имени Морода. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Мородин сын», то есть потомок человека по прозвищу Морода.

Корень «мород-» — диалектный вариант слова «мороз». В южнорусских и украинских говорах, а также в белорусском языке «морода» или «морозь» означали то же, что и «мороз» в литературном русском. Фамилии с чередованием «з/д» встречаются нередко: Морозов и Мородин — однокоренные, разошлись по разным диалектным зонам. Мородин, скорее всего, возник на территории, где «морода» было обычным произношением — в Курской, Воронежской, Смоленской губерниях или на границе с Беларусью.

Прозвище Морода могли дать человеку с «холодным» характером, либо родившемуся в сильный мороз. В северных и центральных областях России закрепилась форма Морозов, а на юго-западе — Мородин.

Суффикс -ин, а не -ов, тоже говорит о древности фамилии: -ин чаще присоединялся к основам на -а/-я (Морода → Мородин), тогда как -ов — к основам на твёрдый согласный. Это указывает, что исходное имя Морода было женского рода или имело форму с окончанием -а, что типично для ласкательных и уменьшительных имён в древнерусском.

Встречаются и другие версии: от слова «морода» в значении «заморозки» или от глагола «мородить» (морить, мучить). Но диалектная связь с «морозом» остаётся основной и наиболее подтверждённой данными исторической диалектологии.

Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий не фигурирует. Встречается преимущественно в Центральной России и Черноземье.