Фамилия Морохины образована от личного имени или прозвища Мороха, и в этом она следует распространённой модели русских фамилий на -ин. Такие фамилии обычно возникали от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я: потомка человека по имени Мороха начинали называть Морохиным, то есть «сыном Морохи».

Сам корень допускает две основные трактовки, и обе имеют право на жизнь. Первая связывает имя Мороха с нарицательным «мороха» — так в некоторых областях называли морось, мелкий затяжной дождь. В этом случае имя могли дать ребёнку, родившемуся в непогоду, — такой обычай был широко распространён у славян, когда мирское имя отражало обстоятельства появления на свет.

Вторая версия отталкивается от слова «морх» — в говорах так называли висячие пучки нитей, бахрому. Отсюда прозвище Морох могло достаться портному, работавшему с такой отделкой, либо, что не менее вероятно, человеку неопрятному, с непричёсанными волосами, которого сравнивали с растрёпанной бахромой. Оба значения — и «морось», и «морх» — могли существовать параллельно, но версия с погодным именем выглядит чуть убедительнее: имена по погоде давали чаще, чем прозвища по бахроме.

География фамилии размыта, но суффикс -ин типичен для северных и центральных русских земель, где фамилии от имён на -а образовывались особенно активно. Точное время возникновения фамилии Морохины установить сложно — процесс становления родовых имён растянулся на несколько столетий, и разные ветви рода могли получить фамилию независимо друг от друга в разных местах.

При этом фамилия Морохины — не единичный случай. К тому же корню восходят однокоренные фамилии Морохов, Мороховин, а также более редкие Морохинский, что указывает на существование разных прозвищных форм от одной основы. В написании фамилии встречается вариант с одной «о» в корне, что соответствует произношению в северных говорах, где безударная «о» звучит отчётливо.

Несмотря на неоднозначность корня, сама фамилия — живой след древней традиции мирских имён, которая уступила место каноническим церковным именам, но оставила по себе память в родовых прозваниях. Носители фамилии могут с равным основанием считать своими предками и человека, рождённого в дождливый день, и мастера, знавшего толк в отделке одежды.