Фамилия Морошенков входит в обширную группу русских фамилий на -ов, образованных от прозвищ, связанных с пищей. Её основа — слово «морошка», которое в разных говорах могло означать не только известную болотную ягоду, но и, например, мучное изделие, кушанье. В смоленских и псковских диалектах «морошкой» называли лепёшку из ржаной муки, а в некоторых местах — просто любую еду или крошку. Таким образом, первым носителем прозвища Морошенок мог быть либо человек, любивший эту ягоду, либо, что вероятнее, тот, кто пёк или продавал лепёшки-морошки.

Суффикс -енок (в современном написании -ёнок) в фамилии Морошенков указывает на её севернорусские или белорусские корни. В старину суффикс -ёнок был характерен для именований молодых людей или детей: Морошенок — буквально «сын Мороха» или «маленький Морох». Со временем, когда отчество превратилось в фамилию, к основе Морошенок добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, получив Морошенков. Такая двойная суффиксация — явление нередкое: сначала человека звали Морошенок (по отцу или по прозвищу), а его потомков уже записывали как Морошенковы.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с именем Мороз через чередование з/ш. В диалектах форма «Морошеня» или «Морош» могла быть производной от Мороз, а суффикс -енок снова указывал бы на «младшего Мороза». Однако эта гипотеза слабее: переход з в ш в русских прозвищах встречается редко и обычно фиксируется в других моделях (например, Морозов — Морошков).

Географически фамилия Морошенков тяготеет к регионам, где распространены говоры с суффиксом -ёнок: это Смоленская, Брянская, Псковская области, а также север и северо-запад современной России. Встречается она и на Украине, где «морошка» как название ягоды тоже известна, но фамилия чаще имеет русское окончание -ов, а не украинское -енко. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Морошенок, что подтверждает её простонародное происхождение: предки носителей фамилии не принадлежали к дворянству, а были ремесленниками, хлебопеками или крестьянами, получившими прозвище по роду занятий или вкусам.