Фамилия Мосюков образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от имени или прозвища с помощью суффикса принадлежности -ов. Основа здесь — Мосюк. Это, в свою очередь, уменьшительная форма от крестильного имени Мосей (церковнославянская форма библейского имени Моисей). В просторечии имя Мосей дало множество производных: Мось, Мосейка, Мосюк. Суффикс -юк в данном случае — типичный для западнорусских и украинских говоров уменьшительный или «сыновний» суффикс (ср. Ивасюк, Панасюк). Таким образом, Мосюк — это «маленький Мосей» или «сын Мосея». Фамилия Мосюков, следовательно, означает «потомок Мосюка».

Интересно, что фамилия Мосюков — не единственная в этом гнезде. Однокоренные Мосеев, Мосягин, Мосин, Моськин, Мосейкин различаются только суффиксами, указывающими на разные диалектные формы исходного имени. Фамилия Мосюков, с суффиксом -юк, тяготеет к юго-западным землям бывшей Российской империи — к современной Украине и Белоруссии, откуда носители могли переселиться в центральные и южные регионы России.

Само имя Моисей в народной среде было нередким, но не таким частым, как Иван или Пётр. Поэтому и фамилия Мосюков встречается не повсеместно, а сосредоточена в определённых областях — прежде всего в Воронежской, Ростовской, отчасти в Краснодарском крае. В этих местах украинское влияние на формирование фамилий было особенно сильным.

Версия о прозвищном происхождении от слова «мосол» (кость) или «мослак» выглядит натянутой: звуковой переход «сл» в «сюк» нехарактерен для восточнославянских говоров. Правдоподобнее связь с именем Мосей, тем более что в документах XVII–XVIII веков нередко встречаются записи вроде «Мосюк Иванов сын», где Мосюк выступает именно как личное имя или прозвище, а не как фамилия.

Сословного барьера у фамилии не было: носителями её могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки. В казачьих реестрах XVIII века фамилия Мосюков встречается среди запорожских и донских казаков, что подтверждает её южнорусские корни.