Фамилия Мотунов образована от прозвища Мотун, и в основе её лежит древний глагол «мотать». В первую очередь он означал «навертывать, навивать», поэтому логично предположить, что Мотуном называли человека, занятого мотанием пряжи. Такое «профессиональное» именование было распространено в среде ремесленников и крестьян, где прозвище часто заменяло человеку официальное имя.

Однако у глагола «мотать» были и другие, не менее ёмкие значения. В народных говорах он означал «расточать, безрассудно проживать имущество», а также «колебаться, качаться, болтаться; бродить, шататься; суетиться, бегать хлопотливо туда и сюда». Поэтому Мотуном в разных местностях могли прозвать и долговязого неуклюжего человека, и ветреного непостоянного гуляку, и расточителя. Прозвище отражало либо внешность, либо черты характера предка, причём вторая версия происхождения выглядит не менее правдоподобной, чем «ремесленная».

Степан Веселовский в своём словаре упоминает родственные прозвища, подтверждающие давнюю традицию таких именований: Мотай, крестьянин конца XV века из Новгорода; Мотало, крестьянин 1564 года из Олонеца; Мотной Григорий, 1541 год, Устюг. Эти примеры показывают, что слово с корнем «мот-» активно использовалось для характеристики людей по всей северной Руси. Прозвище Мотун, судя по всему, закрепилось за человеком как наиболее употребительное обиходное имя, а его потомки со временем получили фамилию Мотунов, следуя стандартной модели присоединения суффикса -ов к основе.

Интересно, что фамилия Мотунов избежала типичных диалектных изменений и сохранила исходную форму прозвища. Это отличает её от однокоренных фамилий вроде Мотовилов или Моталов, которые могли развиться из других прозвищных форм. В итоге, независимо от того, был ли предок искусным прядильщиком или человеком с беспокойным характером, фамилия Мотунов сохранила память о живом народном слове, которое когда-то точно и метко описывало своего носителя.