Фамилия Мозгинова в своей основе содержит редкое для русских фамилий слово «мозга». В большинстве регионов России это слово не употребляется, но в северных и северо-западных говорах (архангельских, вологодских, олонецких) «мозгой» называли болото, топь, вязкое место. Соответственно, Мозгинов — это потомок человека, который жил у болота или получил прозвище Мозга за неторопливость, «вязкость» характера или за то, что застрял в болоте.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мозгин, то есть сын или человек из рода Мозги. Женская форма Мозгинова — стандартное русское окончание, означающее, что носительница происходит из этой семьи. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно часты.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «мозга» — ленивый, медлительный человек. В таком случае прозвище давали нерасторопному, задумчивому человеку. Однако географическое распространение фамилии (она встречается преимущественно в Вологодской и Архангельской областях) поддерживает первую, «болотную» версию. В центральных регионах, где болот меньше, фамилия почти не встречается.

Фамилия не имеет отношения к слову «мозг» в современном значении — это народная этимология, которая не подтверждается историческими данными. В старых писцовых книгах и переписях XVII–XVIII веков можно найти крестьян с прозвищем Мозга, и все они привязаны к северным уездам. Таким образом, предки современных Мозгиновых — скорее всего, крестьяне или посадские люди Русского Севера, чья фамилия родилась из местного говора и ландшафта.