Фамилия Муборакшоев — редкий пример восточного имени, адаптированного русской патронимической моделью. В основе лежит арабское имя Муборак (مبارك), означающее «благословенный», «счастливый». Второй элемент — «шо» — это вариант персидского «шах» (شاه), то есть «царь», «господин», «владыка». Полное личное имя Муборакшо (или Муборакшое) переводится как «благословенный владыка» или «счастливый царь» — типичный для мусульманского Востока составной антропоним, образованный по модели «прилагательное + титул».

Фамильный суффикс -ев указывает на то, что фамилию русифицировали при записи в официальных документах Российской империи или СССР. В оригинальной таджикской или памирской среде отчество и фамилия не различались: человека звали Муборакшоев, сын такого-то, а окончание -ев прибавили по аналогии с русскими фамилиями (как в фамилиях Каримов, Рахимов). Если бы фамилия сохраняла исконную форму, она звучала бы как Муборакшозода («рождённый от Муборакшо») или просто Муборакшо.

Географически фамилия Муборакшоев почти целиком привязана к Таджикистану и к таджикоязычным общинам. Особенно часто её встречают в Горно-Бадахшанской автономной области, среди памирских народов (шугнанцы, рушанцы), где имя Муборакшо традиционно популярно. В России и странах СНГ носители фамилии — в основном потомки мигрантов из этого региона.

Словообразовательная модель проста: личное имя Муборакшо + русский патронимический суффикс -ев. В отличие от фамилий на -ов, где суффикс присоединяют к основе на согласный, здесь -ев встал после гласного «о», что грамматически верно. Споров о происхождении нет: основа прозрачна, а вариантов вроде Муборакшоев или Муборакшоев — это одна и та же фамилия в разной транслитерации.

По сословной принадлежности предки Муборакшоевых были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками, не принадлежавшими к знати, — имя «благословенный владыка» в народной среде давали как пожелание удачи и уважения, а не как указание на реальный титул. В советское время фамилия закрепилась официально, и теперь она — обычная паспортная запись, за которой стоит долгая история исламского имени и советской паспортизации.