Фамилия Муборакшаев — редкий пример сложения арабского корня с тюркским суффиксальным оформлением. В её основе лежит мусульманское мужское имя Муборакша (вариант — Мубаракша), где первая часть восходит к арабскому «мубарак» — «благословенный», «счастливый», а вторая — к персидскому «шах» (царь, владыка). Таким образом, имя-основа означает «благословенный царь» или «счастливый владыка» — типичный для восточной антропонимии композит, подчёркивающий высокий статус или пожелание процветания.

Модель образования фамилии — суффикс -ев, присоединённый к основе Муборакш-. По правилам русской грамматики, которая адаптировала фамилии тюркского и иранского происхождения в XIX–XX веках, суффикс -ев (а не -ов) ставится после мягкого согласного или шипящего: «Муборакша» даёт «Муборакшаев». Это указывает на то, что фамилия оформилась в русскоязычной среде, скорее всего, при переписи или паспортизации, когда носителям татарского, башкирского или казахского происхождения добавили стандартный русский патронимический суффикс.

Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционно мусульманским населением — Татарстану, Башкортостану, а также к Средней Азии (Узбекистан, Таджикистан). Встречается она крайне редко, что говорит либо о локальном бытовании в конкретном роде, либо о том, что имя Муборакша не получило широкого распространения как личное, и фамилия образовалась от единичного прозвища или имени основателя рода. В отличие от распространённых фамилий типа Мубараков или Мубаракшин, форма с «шах» сохраняет более архаичный и книжный оттенок — такие имена давали в семьях, где ценили арабскую и персидскую образованность.

Сословная принадлежность носителей фамилии не зафиксирована в массовых источниках, но судя по структуре, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не в дворянской среде (где чаще встречались бы фамилии на -ский или с тюркским элементом без русификации). Вероятно, предок Муборакшаев был уважаемым человеком в своей общине — муллой, торговцем или старшиной, — и получил имя-титул при рождении, которое затем закрепилось за его потомками как родовое.