Фамилия Мучкинов — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка связано не с именем или профессией, а с прозвищем, данным за внешность или повадку. Основа здесь — слово «мучка», которое в русских говорах имело два значения: либо ласковое уменьшительное от «муха» (то есть маленькая муха), либо, что вероятнее, «мучка» как производное от «мука» — мелкая пыль, порошок, в переносном смысле — нечто невесомое, суетливое или неосновательное. Человека могли прозвать Мучкой за мелкое телосложение, быстрые движения или, наоборот, за привычку «мельтешить» перед глазами, как надоедливая муха.

Суффикс -ин- в фамилии Мучкинов указывает на принадлежность: «чей?» — Мучкинов, то есть сын или потомок Мучки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Если бы в основе лежало слово «мучник» (человек, работающий с мукой), фамилия звучала бы как Мучников — с суффиксом -ов, а не -ин. Разница принципиальна: Мучников — профессиональная фамилия (пекарь, мельник), Мучкинов — прозвищная, более личная и описательная.

Географически фамилия редкая и не имеет ярко выраженного куста. Встречается разрозненно, что типично для поздних крестьянских фамилий, которые фиксировались после отмены крепостного права (1861 год). В документах XIX века Мучкиновых можно найти в южнорусских и центральных губерниях, но без массового скопления в одном уезде. Это подтверждает версию о прозвище: такое могли дать в любом селе, независимо от ремесла.

Версия о связи с тюркским словом «мучкин» (возможно, искажённое имя или титул) маловероятна: фамилия имеет прозрачную славянскую структуру с типичным суффиксом, а в тюркских языках нет устойчивой основы, дающей такое звучание. Так что Мучкинов — скорее всего, потомок человека, которого в деревне звали Мучкой за лёгкость, суетливость или маленький рост.