Фамилия Мудищев — один из тех случаев, когда внешняя неблагозвучность обманчива, а корень уходит не туда, куда можно подумать. Вопреки интуиции, основа здесь не имеет отношения к обсценной лексике, а восходит к древнерусскому слову «муд» или «мудь» — мужское яичко. В старорусском языке это было анатомическое название без какого-либо табу: слово фиксируется в письменных памятниках XVI–XVII веков, в том числе в лечебниках и травниках, где описывались болезни «в мудях». То есть прозвище Мудь, Мудя или Мудище мог получить человек с заметной особенностью, либо тот, кто лечил такие болезни, — знахарь или костоправ.

Суффикс «-ищ-» в основе — увеличительный. В русских фамилиях он встречается редко и чаще в прозвищной форме: Мудище — это не просто «муд», а нечто большое или выделяющееся. Сама фамилия образована по стандартной патронимической модели на «-ев»: Мудищев — сын Мудища. Такая модель типична для фамилий из прозвищ на шипящий или мягкий согласный.

Географически фамилия редкая, но не единичная. Встречается в основном в северных и центральных регионах России — в Вологодской, Костромской, Ярославской областях. В ревизских сказках XVIII–XIX веков изредка попадаются крестьяне и мещане с этой фамилией, что говорит о её простонародном происхождении. Дворянских родов Мудищевых не зафиксировано.

В XX веке, с изменением языковых норм и табуизацией корня, фамилия стала восприниматься как нецензурная, и многие носители меняли её на благозвучные варианты — Мудинов, Мудров, Мудов. Но этимологически это та же группа, что и фамилии Мудров, Мудов, Мудяков — все они образованы от того же древнего слова «муд» и не несут никакого неприличного смысла.