Фамилия Мугаджиров — редкая и неочевидная для русского уха. Её не встретишь в топ-500 распространённых фамилий, и это намекает на нестандартное происхождение. Чтобы понять суть, нужно отбросить привычное ожидание славянского корня и присмотреться к ареалу бытования.

Основная версия связывает фамилию с тюркскими языками, в частности с татарским или башкирским. В их основе лежит слово «мугаджир» (или «мухаджир»), которое пришло из арабского через исламскую традицию. «Мухаджир» — это переселенец, человек, совершивший хиджру, то есть переселение с целью сохранения веры. В истории Поволжья и Приуралья этот термин был известен, например, среди татар-мусульман, которые переезжали в другие регионы. Таким образом, Мугаджиров — сын мухаджира, то есть потомок переселенца.

Модель образования здесь типично русская: к тюркской основе добавлен патронимический суффикс -ов. Это значит, что фамилия оформилась уже в русскоязычной среде, скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам и мещанам нерусского происхождения массово давали фамилии по отцу. Ударение в фамилии, судя по произносительной практике, падает на второй слог: Муга́джиров.

Встречается фамилия преимущественно в регионах с татарским и башкирским населением: в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Есть и более редкая версия, что корень мог быть связан с арабским именем Мугаджир (как личное имя), но в таком случае фамилия означала бы «сын Мугаджира», что по сути не меняет этимологии — имя тоже происходит от того же понятия «переселенец».

Других версий, которые бы всерьёз конкурировали с тюркской, нет. Славянской или финно-угорской основы в фамилии не прослеживается. Поэтому с высокой долей уверенности можно сказать: предки Мугаджировых — это люди, которых в своём сообществе называли переселенцами, и это прозвище закрепилось за их родом.