Фамилия Мугандина — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отбросить типичные русские суффиксы и присмотреться к основе «Муганд». Она явно не славянская и не тюркская в привычном виде. Скорее всего, перед нами фамилия, восходящая к географическому названию или этнониму.

Наиболее правдоподобная версия связывает её с регионом Мугань (Муганская степь) на юго-востоке Азербайджана, у границы с Ираном. Это историческая область, известная с древности. В таком случае основа «Муганд» — это вариант произношения или записи слова «Мугань» (возможно, через тюркский аффикс -лы/-ли, указывающий на принадлежность). Тогда Мугандина — это «человек из Мугани» или «муганец». Фамилии, образованные от названий местностей, не редкость, но именно эта форма с суффиксом -ин указывает на то, что носитель — потомок того, кого прозвали «Муганда» (как пришлый из тех краёв).

Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяется к основам на -а/-я: «чей?» — мугандин. Это типичная модель для фамилий, которые могли возникнуть в среде, где смешивались русские и тюркские элементы, например, среди казаков или крестьян южных губерний. Встречается также вариант написания через «о» — Мугондина, но он может быть следствием акающего произношения или ошибки переписчика.

Вторая, менее вероятная гипотеза — что фамилия восходит к личному имени или прозвищу Муганда, которое в свою очередь могло быть связано с персидским словом «муган» (маги, зороастрийские жрецы). Но эта версия выглядит натянутой, так как прозвище «жрец» в крестьянской среде маловероятно, а географическая привязка куда конкретнее.

Поскольку фамилия очень редкая, в исторических документах она почти не встречается. Можно предположить, что её носители — выходцы из Закавказья или из тех областей России, куда переселялись народы с Кавказа и Закавказья (Ставрополье, Кубань, Астраханская губерния). Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, крестьянская или мещанская, возникшая в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по месту выхода или по прозвищу отца.