Фамилия Мугандин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет ни привычного русского суффикса -ов/-ев, ни -ин, что сразу указывает: перед нами не типичная крестьянская или дворянская фамилия центральной России. Скорее всего, она восточного или кавказского корня, адаптированная к русскому языку.

Разбор начинается с основы «Муганд». Это может быть искажённое географическое название или этноним. В Закавказье есть историческая область Мугань (Муганская степь) на юго-востоке Азербайджана. Жителя этой области называли муганцем или мугандином — по аналогии с «дагестанец», «грузин». Суффикс -ин в таком случае не фамильный, а часть исходного слова, обозначающего принадлежность к местности. Фамилия могла закрепиться за выходцем из Мугани, который перебрался в русскоязычную среду и получил прозвище по месту прежнего жительства.

Другая версия — тюркское происхождение. В тюркских языках есть корень «муган» со значением «печаль», «тоска», но для прозвища это маловероятно: такие основы редко становились фамилиями без дополнительных суффиксов. Правдоподобнее, что «Мугандин» — это русифицированная форма тюркской фамилии с окончанием -ды/-ди (например, Муганды), к которому добавили русское -ин для удобства склонения. Встречаются фамилии Мугандов, Муганди — все они, скорее всего, восходят к одному корню.

Фамилия почти не встречается в старых дворянских родословных книгах и в ревизских сказках XVIII–XIX веков. Это говорит о её позднем появлении в русском антропонимиконе — вероятно, в конце XIX — начале XX века, во время активных миграций с Кавказа и Закавказья в центральные губернии. Носители фамилии могли быть торговцами, отходниками или военными, получившими фамилию при записи в документы.

Словообразовательная модель проста: основа «Муганд» + окончание -ин, которое в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — Мугандин, то есть сын или потомок Муганда). Однако «Муганд» — не личное имя, а скорее прозвище по месту или народности. Поэтому фамилия Мугандин означает «потомок муганца» или «выходец из Мугани».