Фамилия Муганова — женская форма фамилии Муганов, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Муганов звучит необычно для русского уха, и причина в том, что её корень, скорее всего, не славянский, а тюркский или иранский.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с топонимом Мугань. Так называется историческая область на юго-востоке Азербайджана и северо-западе Ирана — Муганская степь (Мугань). В этом случае фамилия Муганов образована по русской модели (-ов) от прозвища или этнонима «муганец» — выходец из Мугани. Предок-основатель фамилии мог быть переселенцем из этих мест, и его прозвали Муганом или Муганцем, а его потомки стали Мугановыми. Такая модель — называть человека по месту прежнего жительства — очень распространена в России, особенно в южных и восточных регионах, где контакт с тюркскими и кавказскими народами был постоянным.

Встречается и другая, менее распространённая версия: от тюркского личного имени Муган или Мухан. В некоторых тюркских языках «муган» может означать «волшебник», «чародей» или «жрец» (слово восходит к древнеиранскому «маг»). Однако в русской ономастике фамилии, образованные от подобных корней, чаще фиксируются в форме Муханов, а написание через «г» — Муган — указывает на более конкретную географическую привязку к Муганской степи.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, он указывает на принадлежность: «чей?» — Муганов, то есть сын или потомок Мугана. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или казачья, но не исключено, что её носители могли быть из числа служилых людей, осваивавших южные рубежи. Поскольку фамилия редкая, её география может быть сосредоточена в Астраханской области, на Северном Кавказе или в Закавказье, откуда родом её основатель.