Фамилия Муганцева — женская форма, мужской вариант — Муганцев. Она образована по простой и распространённой модели: к основе, в данном случае «Муган», добавили суффикс -ев, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Муга́нцев.

Корень «Муган» — самый интересный и неочевидный. На первый взгляд он напоминает топоним — область Мугань (Мугани) в Азербайджане и Иране, историческую равнину. Если предок носителя фамилии был выходцем оттуда, то прозвище Муган или Муганец давали человеку, который приехал с этой территории. Однако для русских фамилий такая географическая привязка к Закавказью — редкость, хотя и не исключена, особенно если речь о казачестве или торговых связях.

Более правдоподобна версия, что «Муган» — это искажённое или диалектное произношение личного имени или прозвища. В русских говорах слово «муга» (или «муга́») означало «мука», «страдание», «томление». В таком случае Муганом могли назвать человека с тяжёлой судьбой, мрачного или, наоборот, того, кто постоянно жаловался на жизнь. Также существует глагол «мугаться» (тужить, маяться), и прозвище могло закрепиться за тем, кто «мугается» — то есть постоянно в хлопотах и бедах.

Обратите внимание на суффикс -ан-, который в прозвищах выполнял роль усилителя или указывал на склонность к действию. Например, «крикун» — от «кричать», «болтун» — от «болтать». Муган — это «тот, кто мугается», «мученик» или «страдалец». Фамилия могла первоначально звучать как Муган, а при добавлении суффикса -ев превратилась в Муганцев — «сын Мугана».

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждает её русское, а не тюркское происхождение. В дореволюционных источниках Муганцевы — это чаще крестьяне или мещане, без дворянских корней. Однокоренные фамилии — Муганов, Муганин, Мугаев — тоже редки, что делает Муганцеву нечастым, но вполне объяснимым антропонимом, возникшим из бытового прозвища по характеру или обстоятельствам жизни.