Фамилия Муганцев, предположительно, происходит от аналогичного прозвища. Оно может брать начало от топонима Муганово. Так называется населенный пункт, расположенный в Кемеровской области. Так могли назвать выходца из Муганово. Возможно также, что фамилия Муганцев образована от прозвища Муганец, которое этимологически связано с монголо-тюркской основой «муган», то есть «монгол». Можно предположить, что Муганцем назвали того, кто был монголом по происхождению. Так, в Книге памяти Амурской области упоминается Георгий Иванович Муганцев, родившийся в 1894 году в Свердловской области. В Книге памяти Республики Хакасия содержится информация о Евдокиме Павловиче Муганцеве, родившемся в 1900 году в Челябинской области.