Фамилия Мугаттин — редкая и интересная своей неочевидной основой. На первый взгляд она напоминает фамилии на -ин, образованные от имен или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я, но здесь корень иной. Скорее всего, в основе лежит не славянское, а тюркское или арабо-тюркское имя или прозвище. Самый вероятный источник — арабское имя Мухаммад (Магомет), которое в тюркских языках, особенно татарском и башкирском, часто принимало формы Мугат, Мугатта, Мухат. Удвоение «т» в фамилии Мугаттин могло возникнуть под влиянием диалектного произношения или при адаптации к русской письменности: в татарских фамилиях нередко встречается суффикс -ин, который присоединяется к основе на согласную, но здесь мы видим форму, близкую к притяжательному прилагательному от имени Мугатта.

Вторая версия, менее распространенная, связывает фамилию с диалектным тюркским словом «мугат» — «учитель», «наставник» (от арабского «мугаллим»). В таком случае Мугаттин могло означать «сын учителя» или «принадлежащий учителю». Однако эта гипотеза слабее: слово «мугаллим» в русских фамилиях обычно давало формы Мугаллимов, Мугалимов, а не Мугаттин.

Географически фамилия Мугаттин тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где исторически жили татары и башкиры. Встречается она и у крещеных татар (кряшенов), что объяснимо: после принятия православия тюркские имена нередко оформлялись русским патронимическим суффиксом -ин. Таким образом, предки носителя фамилии Мугаттин, скорее всего, были людьми тюркского происхождения, а их родоначальника звали Мугат (или Мугатта) — сокращенной формой имени Мухаммад. Сословной принадлежности по фамилии не определить: это мог быть и крестьянин, и служилый татарин.