Фамилия Мугутдинова — женская форма мужской фамилии Мугутдинов, которая встречается почти исключительно у народов Дагестана, в первую очередь у кумыков, лезгин и даргинцев. Её основа — арабское имя Махмуд-ад-Дин (в местном произношении — Магутдин, Мугутдин), что означает «восхваляющий веру» или «похвала религии». Имя составное: первая часть восходит к корню «хамид» (хвала, прославление), вторая — «дин» (вера, религия). В тюркских языках Дагестана звук «х» часто выпадал или заменялся на «г», так арабское «Махмуд» превратилось в «Магут» или «Мугут».

Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий. Суффикс -ов присоединён к тюркизированному арабскому имени, но в дагестанских фамилиях этот суффикс — результат русификации в XIX–XX веках. Изначально родовые имена в Дагестане образовывались без суффиксов: человека называли просто по отцу — Мугутдин, то есть «сын Мугутдина». После вхождения региона в состав Российской империи и введения метрик фамилии стали оформлять по общероссийскому образцу: Мугутдинов, Мугутдинова.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавает в зависимости от диалекта носителя. В кумыкском произношении ударение чаще падает на последний слог — Мугутдино́ва, тогда как в русскоязычной среде нередко ставят ударение на третий слог — Мугу́тдинова. Это не ошибка, а отражение того, что фамилия прошла через несколько языковых фильтров.

Поскольку фамилия региональная и нераспространённая за пределами Кавказа, её носители почти наверняка потомки людей из горных или предгорных сёл Дагестана, где ислам укоренился ещё в VIII–IX веках. Имя Мугутдин давали мальчикам в семьях, желавших подчеркнуть религиозность или принадлежность к духовному сословию, но не обязательно — оно могло быть просто данью традиции. Сословного барьера фамилия не несёт: её могли носить и крестьяне-общинники, и уздени (свободные горцы), и потомки кадиев (судей).