Фамилия Мукачева — женская форма, а её мужской вариант — Мукачев. В основе фамилии лежит географическое название: город Мукачево в Закарпатье (современная Украина). Это не самая частая модель для русских фамилий, но вполне понятная: человека, который приехал из Мукачева или имел там корни, могли прозвать Мукачом или Мукачевым. Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — сын Мукача), что типично для фамилий, образованных от прозвищ по месту жительства.

Версия, что фамилия произошла от личного имени или прозвища «Мукач», менее вероятна, хотя и возможна. В говорах слово «мукач» могло означать человека, имеющего отношение к муке — мельника, торговца или того, кто постоянно перемазан мукой. Но в русском языке такое прозвище не зафиксировано как распространённое, в отличие от, скажем, «Мельник» или «Мука». Географическая привязка здесь сильнее: город Мукачево известен с XI века, и фамилия с таким корнем логично ложится на карту фамилий переселенцев из западных регионов.

В отличие от фамилий на -ский (вроде Мукачевский), которые прямо указывают на дворянское или шляхетское происхождение, фамилия Мукачев/Мукачева — более народная, крестьянская или мещанская. Она могла закрепиться за потомками выходцев из Закарпатья, которые переселялись в центральные губернии Российской империи в XVIII–XIX веках. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: носители этой фамилии — скорее всего, потомки одной или нескольких семей, укоренившихся в определённой местности.

Если искать однокоренные фамилии, то к той же модели относятся Уфимцев (от Уфа), Казанцев (от Казань), Ростовцев (от Ростов). Мукачева стоит в этом ряду, но с той разницей, что название города не русское, а венгерского происхождения (Munkács), что добавляет фамилии оттенок этнического смешения — возможно, предки были русинами или украинцами, носившими фамилию по месту выхода.