Фамилия Мукакова чаще всего встречается у народов Поволжья и Приуралья — у башкир, татар, чувашей и удмуртов. Её основа — мужское имя или прозвище Мукак. В тюркских языках у этого корня несколько значений. В башкирском и татарском «мук» может означать «горе», «печаль» или «беда». Тогда Мукак — это имя-оберег, которое давали ребёнку, чтобы отвести от него несчастья: считалось, что злые духи не позарятся на того, кого уже назвали «горемычным». Такая практика широко известна у многих народов, и это наиболее вероятное объяснение.

Вторая версия отталкивается от диалектного чувашского слова «мукак» — «комар» или «мошкара». Прозвище Мукак могли дать человеку маленького роста, назойливому или просто вертлявому, как комар. В чувашской среде фамилии на -ов/-а образовывались по русской модели, поэтому Мукак + ов дало Мукаков, а женская форма — Мукакова. Встречается фамилия и у марийцев, где «мука» значит «мука» (продукт), но связь с прозвищем Мукак здесь менее прозрачна.

Суффикс -ов указывает на русский способ оформления фамилии, типичный для народов, долгое время живших в составе Российского государства. Мужская форма — Мукаков. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний можно найти записи о Мукаковых — башкирах и тептярях. Сегодня фамилия нередкая, но не массовая; её носители живут в Башкортостане, Татарстане и Челябинской области.