Фамилия Мукамаева образована от мужского имени Мукамай. Её основа — тюркское имя, распространённое у башкир, татар и других народов Поволжья и Урала. Имя Мукамай, в свою очередь, восходит к арабскому «мукаммаль» — «совершенный», «завершённый», «достигший полноты». В тюркской среде оно могло приобрести дополнительный оттенок пожелания: чтобы ребёнок вырос цельным, без изъяна.

Модель образования проста: к основе Мукамай добавили русский патронимический суффикс -ев, который в притяжательной форме отвечал на вопрос «чей?». Мукамаев — сын Мукамая. Женская форма Мукамаева — это либо дочь, либо жена Мукамаева. Такая модель типична для фамилий, возникших в XVI–XIX веках в зоне контакта русского и тюркского населения, когда русские суффиксы накладывались на местные имена.

Географически фамилия наиболее характерна для Башкортостана и Татарстана, реже встречается у казахов и киргизов. В русских переписях XIX века носители фамилии могли быть записаны в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях. Сословный состав предков — чаще всего государственные или ясачные крестьяне, реже — тептяри и башкиры-вотчинники, принявшие оседлый образ жизни.

Важная деталь: в отличие от фамилий на -ин (типа Мукамаев), форма Мукамаева нередко принадлежит женщинам, но в официальных документах XIX века женский вариант мог закрепляться за вдовой или дочерью, если мужчина из рода отсутствовал. В современной России фамилия сохраняет яркую региональную привязку и редко встречается за пределами Урало-Поволжья.